Trwa spór na temat wyglądu architektonicznego Wyspy Spichrzów.  Urząd miasta chce na wyspie postawić nowoczesne architektonicznie budynki zamiast pseudozabytkowych. Zdania są podzielone. Wiele osób opowiada się za trzymaniem się tradycji w tworzeniu nowych obiektów na Wyspie Spichrzów, inni zaś dążą do powstania tam budowli na miarę XXI wieku.

W obronie tradycji stają architekci, którzy pamiętają odbudowę Gdańska po wojnie. Krytycznie przyglądają się temu, co budowane jest w ich mieście współcześnie. Obawiają się eksperymentów architektonicznych. Sugerują, by spróbować połączyć elementy nowoczesne z tradycyjnie gdańskimi. Zdaniem takich specjalistów jak Stanisław Michel, który odbudowywał powojenny Gdańsk, nowa architektura musi dorównać dawnym spichlerzom. Nie mogą to być, jak twierdzi Michel, bezduszne klocki bez charakteru i wyrazu.

12. stycznia odbyło się posiedzenie Komisji Zagospodarowania Przestrzennego, które dotyczyło Wyspy Spichrzów. Na posiedzeniu radni również mieli zastrzeżenia do proponowane, nowoczesnej formy architektonicznej zabudowy Wyspy. Zdaniem radnej dzielnicy Śródmieście, Anny Stawskiej ta część miasta powinna zachować starodawny styl architektury, ponieważ w przeciwnym razie będzie omijana przez turystów.
Według Profesora Antoniego Taraszkiewicza z Politechniki Gdańskiej, Karta Wenecka narzuca pewne reguły, których należy się konsekwentnie trzymać przy zabudowywaniu miast. Reguły te stanowią , że nie wolno absolutnie tworzyć replik architektury historycznej. Tworzenie pseudozabytków jest niezgodne z etyką zawodu architekta i niedozwolone.
Jeden z autorów projektu zabudowy Wyspy Spichrzów, architekt Jacek Droszcz, wykładowca na Politechnice Gdańskiej i pracownik Studia Architektonicznego Kwadrat z Gdyni, uważa, że konieczne jest budowanie nowoczesne, z wykorzystaniem nowoczesnych materiałów budowlanych, ponieważ zatrzymanie miasta w dawnej epoce byłoby zbrodnią na współczesnym mieście.

Wiceprezydent Gdańska, Wiesław Bielawski, również opowiada się za koncepcją architektury nowoczesnej na Wsypie Spichrzów. Jego zdaniem budowanie replik historycznych jest niedopuszczalne i należy budować zgodnie z kanonem architektury XXI wieku. Jak stwierdził deweloperzy budują pseudozabytki pod presją konserwatorów zabytków.
Tomasz Korzeniowski z Towarzystwa Opieki nad Zabytkami podczas spotkania radnych i urzędników miejskich wspomniał o odpowiedzialności karnej za wydanie zgody na nowoczesną zabudowę Wyspy Spichrzów. Jego zdaniem postawienie tam zabudowy w stylu XXI wieku będzie niezgodne z prawem, ponieważ cały układ urbanistyczny jest wpisany do rejestru zabytków.
W miastach Europy, takich jak  Londyn czy Wiedeń zabytki świetnie współtworzą spójną przestrzeń architektoniczną z nowoczesną zabudową, może więc i w Gdańsku uda się pogodzić te dwa style.
Kwestia stylu zabudowy Wyspy Spichrzów pozostaje otwarta.